En la Granja Didáctica el Mezquite también se realiza investigación sobre diversas áreas. Nos especializamos en: educación ambiental, psicología social, psicología ambiental, manejo de residuos sólidos, conductas proambientales y evaluación educativa. Producto de este trabajo se han publicado múltiples libros y artículos científicos. Por su calidad, nuestras investigaciones han merecido premios. Nuestro equipo ofrece consultoría y asesoría a instituciones, empresas, organizaciones gubernamentales y no gubernamentales. Actualmente la Granja realiza diversos proyectos, entre ellos tres evaluaciones externas a programas educativos de la SEP-Tlaxcala y un macroestudio de manejo de residuos sólidos.